Die weitere Bearbeitung der Markenanmeldung erfolgt erst nach Zahlung der Anmeldegebühr und ggf. der Klassengebühren (§ 5 Abs. 1 PatKostG). Danach wird geprüft, ob die Anmeldung die formellen Anmeldungserfordernisse erfüllt und ob der Eintragung der Marke sog. absolute Schutzhindernisse entgegenstehen (§§ 36, 37 MarkenG).
Das DPMA prüft nicht, ob bereits ähnliche oder identische Marken registriert sind. Inhaber älterer Marken können erst nach der Eintragung der Marke Widerspruch erheben.
Weiterhin wird geprüft, ob der Marke absolute Schutzhindernisse im Sinne von § 8 MarkenG entgegenstehen. Danach sind insbesondere Zeichen oder Angaben, die die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen lediglich nach ihrer Art, Beschaffenheit oder sonstigen Eigenschaften und Merkmalen beschreiben, von der Eintragung ausgeschlossen. Wird ein absolutes Schutzhindernis festgestellt, so wird dies dem Anmelder in einem Beanstandungsbescheid mitgeteilt. In diesem Bescheid wird dem Anmelder die Möglichkeit gegeben, sich innerhalb einer Frist zu äußern.Besteht das Schutzhindernis auch unter Berücksichtigung der Stellungnahme fort, erlässt – je nach Geschäftsverteilung – ein Beamter des gehobenen oder höheren Dienstes oder ein vergleichbarer Angestellter als Prüfer/in einen Zurückweisungsbeschluss. Hat ein Beamter des gehobenen Dienstes oder ein vergleichbarer Angestellter die Entscheidung getroffen, kann gegen diese Entscheidung Erinnerung eingelegt werden, über die dann ein Beamter des höheren Dienstes oder ein vergleichbarer Angestellter als Erinnerungsprüfer entscheiden wird. Gegen die Entscheidung eines Beamten des höheren Dienstes kann Beschwerde beim Bundespatentgericht eingelegt werden. Die Frist zur Einlegung der Erinnerung und der Beschwerde beträgt jeweils einen Monat ab Zustellung des Beschlusses.
Sind alle formellen Voraussetzungen erfüllt, die Gebühren bezahlt und wird kein absolutes Schutzhindernis festgestellt, so wird die angemeldete Marke in das Register eingetragen und die Eintragung im Markenblatt veröffentlicht. Der Markeninhaber erhält eine Urkunde über die Eintragung sowie eine Bescheinigung über die sonstigen in das Register eingetragenen Angaben.